名古屋大学医学部附属病院（以下、名大病院）先端医療開発部の礎は、1998年の臨床治験管理センター（初代センター長：吉田純脳神経外科学教授）にまで遡ることができます。当時、新規医薬品等を効率的に開発するトランスレーショナルリサーチ（TR）が注目され、大学ごとにオリジナリティーのある仕組みづくりが始まっていました。
当時の名大病院は純国産技術を駆使した我が国初の遺伝子治療の実施や歯科領域における再生医療研究を通して先駆的な成果を上げていたことから、2002年、京都大学の探索医療センターに次ぐ国内二番目のTRセンターとして遺伝子再生医療センター（初代センター長：吉田純教授）が立ち上がりました。ここでは当時としては珍しかった国際標準化機構 ISO9001とISO13485のダブル認証を取得し、品質を担保したバイオマテリアルの調製を可能にしました。2008年、遺伝子再生医療センター2代目のセンター長として松尾清一腎臓内科教授が就任し、先端医療開発の基盤の強化がさらに推し進められました。
一方、臨床治験管理センターでは、2004年に2代目のセンター長として石黒直樹整形外科学教授が就任し、2008年には臨床研究推進センターと改名、2009年には長谷川好規呼吸器内科教授がその任を受け継ぐことになりました。
2010年には遺伝子再生医療センターと臨床研究推進センターを統合して、先端医療・臨床研究支援センター（以下、支援センター）を立ち上げ、初代センター長に直江知樹血液内科学教授が就任しました。2012年には文部科学省の第2期「橋渡し研究加速ネットワークプログラム」に採択され、橋渡し研究支援拠点の一つとなりました。また同年、厚生労働省の「臨床研究中核病院」にも選定され、シーズの開発から保険診療までを一気通貫で支援できる体制を整えました。この活動は拠点内に留まらず、中部7大学と1センターからなる中部先端医療開発円環コンソーシアムの誕生にも繋がりました。現在、同コンソーシアムは中部11大学と3センターからなる計14施設へと発展しています。
2013年には石黒直樹整形外科学教授が2代目の支援センター長に就任し、橋渡し研究を強力に推進しました。
2017年、第3期「橋渡し研究戦略的推進プログラム」では、自立可能な好循環型先端医療開発拠点の創成を目指すこととなりました。
2018年には支援センターを改編し、病院長直下に先端医療開発部を新設、その下に支援センターとデータセンターを配置しました。初代先端医療開発部部長に安藤雄一化学療法部教授が、支援センター3代目センター長に水野正明病院教授が、データセンター初代センター長に安藤昌彦病院教授がそれぞれ就任しました。
さらに2021年12月には、文部科学省より橋渡し研究支援機関の認定を受け、基礎研究成果の社会実装を推進する全国有数の橋渡し研究支援拠点としての体制を一層強化しました。
2022年4月には、水野正明病院教授が第2代先端医療開発部部長に就任し、橋渡し研究支援機関としての機能強化に加え、アカデミア発シーズの実用化支援、人材育成、産学官連携の推進に取り組みました。
2025年5月には、橋詰淳が第3代先端医療開発部教授に就任しました。先端医療開発部は、橋渡し研究支援機関および臨床研究中核病院としての役割を担いながら、医薬品・医療機器・再生医療等製品の開発支援、リアルワールドデータやデジタル技術を活用した新たな臨床研究基盤の構築、さらには次世代の臨床研究・先端医療を担う人材育成を推進しています。
現在、先端医療開発部は、名古屋大学をはじめとする中部先端医療開発円環コンソーシアム参画施設等の叡智を結集し、次世代医療を創出して世界の人々へ届けるとともに、それを支える人材育成を推進しています。